PhD

Výskumná skupina Cell-in-fluid na Fakulte riadenia a informatiky robí interdisciplinárny výskum v oblasti matematického modelovania biologických procesov. PhD témy sú zamerané na vývoj a implementáciu matematických modelov na mikroškálach popisujúcich toky kvapalín a v nich vnorených biologických buniek. Témy sú úzko prepojené s výskumom skupiny Cell-in-fluid.

 

Ponúkame dve témy. Na každú tému je možné prijať aj viac ašpirantov, záleží na počte doktorandských miest vytvorených fakultou.

Prihlášky pre tento 3-ročný program je možné podávať od 1.apríla do 31.mája 2017. Štúdium začína 1.septembra 2017. Podrobnejšie informácie sú dostupné na fakultnom webe. Pri vypracovávaní niektorých dokumentov potrebných na podanie prihllášky vám radi pomôžeme, stačí nás kontaktovať na adrese ivan.cimrak@fri.uniza.sk.

Ponúkame

  • vedenie k excelentným vedeckým ako aj tzv. mäkkým zručnostiam
  • zabezpečenie účasti na kvalitných medzinárodných konferenciách
  • možnosť krátkodobých vedeckých pobytov
  • spolupráca so skupinami realizujúcimi biologické experiment
  • a najmä, priama účasť na zaujímavom výskume aplikovanom v realite
  • spolupráca s ostatnými členmi výskumnej skupiny (aktuálne 4 doktorandi)

Tešíme sa na prejavený záujem

Témy doktorandského štúdia

  • Počítačové spracovanie obrazu pre vývoj a verifikáciu výpočtových modelov biologických buniek

Školiteľ: Ivan Cimrák

Popis témy: Výpočtové modely sa používajú na pochopenie správania sa biologických buniek v toku kvapaliny. Pomáhajú simulovať procesy v mikrofluidických zariadeniach, ktoré slúžia na rôzne biologické experimenty s bunkami.

Pri vývoji modelu bunky je dôležité jeho overenie a nakalibrovanie na reálne dáta popisujúce napríklad elasticitu membrány. Okrem experimentov popísaných v literatúre sa takéto dáta dajú získať z videozáznamov zobrazujúcich tok buniek.

V rámci doktorandského štúdia sa budeme venovať algoritmom počítačového spracovania obrazu a ich variantami pre špecifickú úlohu detekcie buniek a ich pohybu a deformácie z videosekvencií. Získané dáta použijeme na ďalší vývoj modelu a jeho uplatnenie v biomedicínskych aplikáciách.

 

  • Využitie a analýza modelov CTC buniek pre vývoj mikrofluidických zariadení

Školiteľ: Katarína Bachratá

Popis témy: Vývoj mikrofluidických zariadení, určených pre zachytávanie určitého typu chorobných buniek z toku krvi, je závislý od vyspelosti technológií, ktorými sa takéto zariadenia dajú vytvoriť. Optimalizácia týchto zariadení môže prebiehať viacerými cestami. Jednou z nich je vytvorenie modelu zariadenia a odhad počtu zachytených buniek na základe určitých charakteristík modelu, vychádzajúcich z charakteristík mikrofluidického zariadenia.

 

  • Identifikácia charakteristík simulácií toku buniek pre vývoj mikrofluidických zariadení

Školiteľ: Katarína Bachratá

Popis témy: Vývoj mikrofluidických zariadení, určených pre zachytávanie určitého typu chorobných buniek z toku krvi, je závislý od vyspelosti technológií, ktorými sa takéto zariadenia dajú vytvoriť. Optimalizácia týchto zariadení môže prebiehať viacerými cestami. Jednou z nich je vytvorenie simulačného modelu zariadenia a odhad počtu zachytených buniek na základe počtu buniek zachytených počas simulácie. Simulácia priebehu reálneho deja vyžaduje využitie rozsiahlych výpočtov na veľkých počítačoch, alebo ich skupinách (grid, cloud), pričom treba rozumne zvoliť mieru zložitosti simulácie, kvôli vernému popisu reálneho deja a mieru zjednodušenia modelu, kvôli limitom počítačového spracovania.

events&news

04.04. 2017
Nové PhD pozície

Od septembra 2016 otvárame tri nové doktorandské miesta. Záujemcovia o výskum v rámci našej výskumnej skupiny nájdu viac informácii tejto stránke.

11.01. 2017
Pozvánka na Workshop

Pozývame vás na 2nd Workshop on Modelling of Biological Cells, Fluid Flow and Microfluidics, ktorý sa bude konať 5-9. februára 2017 vo Vrátnej doline. Viac informácií tu

10.05. 2016
Publikovaný nový článok

Spoločne sme publikovali článok v časopise  Journal of Computational Science (2015 Impact Factor 1.231). Názov článku znie  Simulation study of rare cell trajectories and capture rate in periodic obstacle arrays. Gratulujeme autorom.

08.04. 2016
Nový článok

Nedávno sme publikovali nový článok v Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering,  (Impact Factor 1.770). Názov článku je Collision rates for rare cell capture in periodic obstacle arrays strongly depend on density of cell suspension. Článok je prístupný online na  stránke časopisu alebo v sekcii  publikácie

08.01. 2016
Nový článok

Nedávno sme publikovali nový článok v International Journal for Numerical Methods in Biomedical Engineering (Impact Factor 2.052). Názov článku je  Non-uniform force allocation for area preservation in spring network models. Článok je prístupný online na  stránke časopisu alebo v sekcii  publikácie. Gratulujeme Ivete and Ivanovi.

04.09. 2015
Vítame nových kolegov

V septembri sa ku našej skupine pripojili dvaja noví doktorandi: Martin Slávik and Marek Kotus. Vitajte!

26.08. 2015
Dosiahnutý PhD titul

Gratulujeme Ivete k úspešnému obhájeniu PhD. Veľa šťastie (nielen) v ďaľšom výskume.

02.08. 2015
Konferencia v Edinburgu

V Júli sa Iveta a Martin B. zúčastnili konferencie Discrete Simulation of Fluid Dynamics (DSFD2015). Vo svojom príspevku prezentovali naše výsledky dosiahnuté pri analýze periodicky rozmiestnených prekážok.

15.10. 2014
ICNAAM

Naša skupina sa zúčastnila konferencie ICNAAM 2014. I.Cimrák zorganizoval sympózium s názvom Modelling of Biological Cells, Fluid Flow and Microfluidics. 

05.09. 2014
Vítame nových členov

Začiatkom septembra sa naša výskumná skupina rozrástla o dvoch nových členov, doktorandov Janu Kadlecovú a Martina Bušíka. Vitajte :-)

2010-2017 © Cell-in-fluid, KST ŽUŽ - Všetky práva vyhradené. All right reserved.