Výskum

Výskum našej skupiny zahŕňa modelovanie a simulácie v simulačnom nástroji Object-in-fluid.

Aktuálne výskumné granty

  • Agentúra na podporu výskumu a vývoja,  grant  APVV-15-0751
  • Ministerstvo školstva, vedy, výskumu a športu SR,  grant  VEGA 1/0643/17.
  • Fakulta riadenia a informatiku ŽIlinskej univerzity v ŽIline, fakultné výskumné granty FVG.
  • Akcia Rakúsko-Slovensko, grant  2016-05-15-002

 

Výskumné oblasti grantov a našej výskumnej skupiny sú nasledovné:

Modelovanie elastických objektov

Náša skupina pracuje s modelovaním toku tekutiny, do ktorého vkladáme deformovaľné objekty. Modelovanie tak zahŕňa elastivké javy - deformácie týchto objektov a vieme tak napodobniť veľmi reálne spravanie sa nap. červených krviniek v krvnom toku.

Simulačný balík

Pre simuláciu požívame nástroj ESPResSO pre ktorý vytvárame simulačný framework pre simuláciu chovania sa deformovateľných objektov v toku. Tento framework sme nazvali OIF (názov pochádza z ang. výrazu cell-in-fluid - bunka v kvapaline). V momentálnom štádiu vývoja tohto frameworku je možné vytvoriť 3D objekt, ktorý môže byť priamo umiestnený do simulácie toku a tu postačuje iba súbor s geometriou a incidenciami. Viac informácií je možné nájsť v užívateľskej príručke softvéru ESPResSo.

Interakcia objektov v toku

Pre odhad toku tekutiny používame osvedčenú Lattice-Boltzmannovú metódu, ktorej výhody sú: nie je potrebné meniť diskretizačnú mriežku, pevná mriežka pre kvapalinu, lahká paralelizácia, rychlosť ktorá sa podobá Navier-Stokesovi.

Pre výpočet elaticity hraníc objktov je použítá metóda ponorenia hraníc, ktorej výhody sú: žiadna pevná mieržka, je flexibilná, sila pôsobiaca na jeden bod interaktuje s ostatimi.

Aby bolo možné prepojiť Lattice-Boltzmannovú metódu a metóda ponorenia hraníc, je najskôr potrebné určiť mechanizmus ako budú medzi sebou prepojené. To znamená dve pevné mriežky, prenos sili medzi tekutinou a hranivami objektu, použitie dvoch rovníc a to Lattence-Boltzmannovu a Newtonsku.

Ďalšiou silov, ktorá pôsobí pri toku tekutiny je prilnavosť objektov k povrchu. Napríklad povrch bunka môže reagovať s protilátkami, receptori bunky sú priťahované ligandmi povrchu. Sila medzi receptormi a ligandmi

 

 

Skončené výskumné granty

  • Marie-Curie CIG grant BiomedMicrofluidics, grant PCIG10-GA-2011-303580, 2012-2016
  • Akcia Rakúsko-Slovensko, grant 2012-03-15-0003, 2012
  • Agentúra na podporu vedy a výskumu, grant APVV-0441-11, 2012-2016

events&news

04.04. 2017
Nové PhD pozície

Od septembra 2016 otvárame tri nové doktorandské miesta. Záujemcovia o výskum v rámci našej výskumnej skupiny nájdu viac informácii tejto stránke.

11.01. 2017
Pozvánka na Workshop

Pozývame vás na 2nd Workshop on Modelling of Biological Cells, Fluid Flow and Microfluidics, ktorý sa bude konať 5-9. februára 2017 vo Vrátnej doline. Viac informácií tu

10.05. 2016
Publikovaný nový článok

Spoločne sme publikovali článok v časopise  Journal of Computational Science (2015 Impact Factor 1.231). Názov článku znie  Simulation study of rare cell trajectories and capture rate in periodic obstacle arrays. Gratulujeme autorom.

08.04. 2016
Nový článok

Nedávno sme publikovali nový článok v Computer Methods in Biomechanics and Biomedical Engineering,  (Impact Factor 1.770). Názov článku je Collision rates for rare cell capture in periodic obstacle arrays strongly depend on density of cell suspension. Článok je prístupný online na  stránke časopisu alebo v sekcii  publikácie

08.01. 2016
Nový článok

Nedávno sme publikovali nový článok v International Journal for Numerical Methods in Biomedical Engineering (Impact Factor 2.052). Názov článku je  Non-uniform force allocation for area preservation in spring network models. Článok je prístupný online na  stránke časopisu alebo v sekcii  publikácie. Gratulujeme Ivete and Ivanovi.

04.09. 2015
Vítame nových kolegov

V septembri sa ku našej skupine pripojili dvaja noví doktorandi: Martin Slávik and Marek Kotus. Vitajte!

26.08. 2015
Dosiahnutý PhD titul

Gratulujeme Ivete k úspešnému obhájeniu PhD. Veľa šťastie (nielen) v ďaľšom výskume.

02.08. 2015
Konferencia v Edinburgu

V Júli sa Iveta a Martin B. zúčastnili konferencie Discrete Simulation of Fluid Dynamics (DSFD2015). Vo svojom príspevku prezentovali naše výsledky dosiahnuté pri analýze periodicky rozmiestnených prekážok.

15.10. 2014
ICNAAM

Naša skupina sa zúčastnila konferencie ICNAAM 2014. I.Cimrák zorganizoval sympózium s názvom Modelling of Biological Cells, Fluid Flow and Microfluidics. 

05.09. 2014
Vítame nových členov

Začiatkom septembra sa naša výskumná skupina rozrástla o dvoch nových členov, doktorandov Janu Kadlecovú a Martina Bušíka. Vitajte :-)

2010-2017 © Cell-in-fluid, KST ŽUŽ - Všetky práva vyhradené. All right reserved.